Воздушные суда, следующие через государственную границу Республики Казахстан, подлежат таможенному контролю.

Грузы, международные почтовые отправления, багаж, ручная кладь, валюта и валютные ценности пассажиров и членов экипажей, перевозимые через государственную границу Республики Казахстан, подлежат таможенному контролю.

Разгрузка груза, багажа и международных почтовых отправлений из воздушных судов и их погрузка в воздушные суда в международных аэропортах Республики Казахстан производится с разрешения таможенного учреждения.

При таможенном досмотре командир воздушного судна обязан:

1. предъявить представителю таможенного учреждения генеральную декларацию, грузовую ведомость с прилагаемыми к ней грузовыми накладными и относящимися к ним фактурами, спецификациями и счетами, а также почтовыми накладными и прочими документами на перевозимые грузы;
2. указать и открыть для досмотра все имеющиеся на воздушном судне помещения.

Перевозка опасных грузов на воздушных судах должна осуществляться в соответствии с требованиями Технических инструкций по безопасной перевозки опасных грузов по воздуху (документ ИКАО - DOC 9284 AN/905).
Для перевозки опасных грузов, запрещенных на пассажирских и/или грузовых воздушных судах, требуется наличие освобождения от действия Технических инструкций по безопасной перевозке опасных грузов по воздуху (Doc 9284) выданное АО «Авиационная администрация Казахстана, в соответствии с пунктом 3.4 раздела GEN 1.2..

При полёте в воздушном пространстве Республики Казахстан на иностранных грузовых воздушных судах запрещается перевозить следующие предметы:

1. военные запасы и военное снаряжение;
2. взрывчатые, отравляющие, радиоактивные, наркотические вещества, а также предметы контрабанды;
3. больных и подозрительных по заболеванию заразными болезнями животных, а также продукты сырья животного происхождения и фураж, неблагополучные по заразным болезням;
4. под карантинные материалы, почву и живые растения с почвой из районов стран, на территории которых установлено наличие карантинных вредителей и болезней, а также, если перечисленная продукция окажется зараженной карантинными вредителями и болезнями.

Ввоз в Республику Казахстан из иностранных государств животных, а также продуктов и сырья животного происхождения, фуража и предметов, которые могут быть носителями возбудителей инфекционных болезней, допускается с разрешения Департамента ветеринарии Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан только из стран, благополучных в отношении особо опасных заразных болезней животных. На территории страны-поставщика животные должны быть подвергнуты карантину и ветеринарным обработкам.

Ввоз в Республику Казахстан животных, продуктов и сырья животного происхождения, а также фуража производится только через установленные контрольные ветеринарные пункты Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан, при наличии ветеринарных сертификатов, выданных ветеринарными врачами, состоящими на государственной службе страны-экспортёра.

Сертификаты должны подтверждать благополучие животных, птицы, животного сырья, сырых животных продуктов и места их происхождения.
Кроме этого в ветеринарном сертификате должны быть указаны методы и даты проведения исследований, ветобработок животных, животного сырья и полученные результаты.

Поступившие на контрольный ветеринарный пункт животные подвергаются тщательному клиническому осмотру с измерением температуры, ветеринарным обработкам, а в особых случаях карантину в течение установленного срока.

Животное сырьё, сырые животные продукты и фураж подвергаются проверке в отношении соблюдения правил ввоза, транспортировки и упаковки груза, а также наличия клейма (отметки ветнадзора).

Запрещается ввоз в Республику Казахстан и транзит через территорию Республики Казахстан восприимчивых к заболеванию животных и продуктов их убоя из стран, где регистрируются или в течение последних 12 месяцев регистрировались следующие болезни: ящур типов САТ-1-2-3, Азия-1 и других экзотических типов, африканская чума свиней, африканская чума лошадей, чума крупного рогатого скота, классическая чума птиц.

При выполнении ветеринарно-санитарных требований ввоза и при установлении благополучия в отношении заразных болезней животных, птицы, животного сырья, сырых животных продуктов и фуража, контрольным ветеринарным пунктом взамен предъявленного ветеринарного сертификата выдаётся ветеринарное свидетельство на право дальнейшего следования до места назначения на территории Республики Казахстан.

При невыполнении ветеринарно-санитарных требований по ввозу в Республику Казахстан животных, продуктов и сырья животного происхождения и фуража или при выявлении заразных болезней среди животных или установлении неблагополучия продуктов и сырья животного происхождения и фуража в отношении заразных болезней, такие грузы могут быть задержаны на контрольном ветеринарном пункте, отправлены обратно поставщику или уничтожены.

Карантинному досмотру в обязательном порядке подлежат как ввозимые в Республику Казахстан для внутреннего пользования, так и провозимые через территорию Республики Казахстан следующие материалы:

1. семена культурных и диких растений;
2. живые растения и их части (саженцы, черенки, клубни и т.д.);
3. продовольственное и фуражное зерно, свежие плоды, хлопковое волокно и другие прядильно-волокнистые культуры, а также табак-сырец и свежие пряности;
4. все виды живых культур грибов, бактерий и вирусов, а также все виды живых энтомологических объектов;
5. все виды коллекций насекомых, лекарственных растений, семян, а также гербарии;
6. не очищенная от коры древесина;
7. подстилка и фураж при ввозе животных;
8. посылки, ручная кладь, багаж пассажиров и продукты запасов экипажей, содержащие растительные ингредиенты.

Пропуск растительной продукции, поступившей из иностранных государств на территорию Республики Казахстан, допускается только при наличии:

1. импортного карантинного разрешения, выдаваемого карантинной инспекцией Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан;
2. сертификата, выдаваемого соответствующими сельскохозяйственными органами страны вывоза, удостоверяющего не зараженность карантинными вредителями, болезнями и сорняками вывозимой растительной продукции, указанной в GEN-1.4.2.

Порядок и требования досмотра растительных грузов в аэропортах определяются Правилами, утвержденными инспекцией Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан.

В случае обнаружения карантинных вредителей и болезней в растительных грузах, поступивших в Республику Казахстан, эти грузы подлежат, по согласованию с владельцами, обеззараживанию, уничтожению или возврату в страну вывоза.

Воздушное судно, на котором были доставлены эти грузы, подлежат дезинфекции в установленном порядке.

Инспекторам пунктов по карантину растений предоставляется право отбирать образцы для экспертизы карантинного состояния провозимого груза.